Курс "Основи моделювання наносистем" сфокусований на формуванні у студентів уявлень про сучасні методи моделювання наносистем, а саме на континуальних методах, що засновані на дифузійноподібних та транспортних рівняннях масоперенесення; атомно-дискретних ймовірнісних методах Монте Карло; атомно-дискретних методах молекулярної динаміки, заснованих на класичних рівняннях руху атомів.

Розглядається теорія взаємодії енергетичних атомних частинок з твердотільними поверхнями, обговорюються основні уявлення теорії лінійних зіткнувальних каскадів атомів, а також умови утворення нелінійних каскадів та їх прояви. Згадуються явище розпилення, генерації вакансій, міжвузлових та радіаційно-адсорбованих атомів.

Обговорюється моделювання атомних нанокластерів та утворення тонких плівок. Оцінюються переваги та недоліки різних методів моделювання цих об'єктів та процесів. Наводяться основи та обговорюється актуальність прискорених методів молекулярної динаміки.